لنبات البقدونس فوائد كثيرة على معظم اجهزة الجسم، وإن كانت معظمها تنحصر في الأوراق فقط، فهو يحتوي على الكثير من مركبات الفلافونيدات، ويحتوي على كمية عالية من فيتامين (ج) والذي يوجد بنسبة أكبر مما هو موجود في الليمون. من اهم فوائده على الجهاز البولي علاج التهاب المسالك البولية. وكان المتخصص في العلاج بالنباتات، البريطاني جون باركينسون، قد كتب في أحد مؤلفاته أنه استخدم جذور البقدونس في تحضير وصفة خاصة لعلاج الملكة البريطانية في عام 1629، من التهاب المسالك البولية . ويعزو الطب قدرة البقدونس على مكافحة هذه الالتهابات إلى وجود عناصر معقمة ومضادة للجراثيم فيه حيث كان أطباء الأعشاب التقليديون يستخدمون أوراق البقدونس المهروسة في كمادات لعلاج لدغات الحشرات، الكدمات، الجروح، تشقق الجلد والحكة. وجاء في مراجعة أجرتها المجلة الدولية لطب المسالك البولية في عام 2002 لدراسات عدة أجريت على الحيوانات، أن جذور البقدونس تعزز الإفرازات البولية والواقع أن خصائص البقدونس هذه تجعل منه علاجاً طبيعياً ممتازاً في حالة معاناة عوارض ما قبل الدورة الشهرية وتراكم السيلوليت .
ولعلاج التهابات المسالك البولية، ينصح المتخصصون في طب الأعشاب بتناول 3 أكواب يومياً من نقيع أوراق وجذور البقدونس بانتظام .